৪ নং পাঁচুপুর ইউনিয়নে দুইটি নদী যথা ১.আত্রাই নদী,২.গৌড় নদী ও একাধিক খাল রয়েছে।
(১) নদীঃ আত্রাই উপজেলা প্রধানত গৌড় নদীর তীরে অবস্থিত যেহেতু অত্র ইউনিয়নটি আত্রাই উপজেলার সদর ইউনিয়ন পরিষদ তাই আত্রাই উপজেলার প্রধান গৌড় নদীটির দক্ষিন পূর্ব এলাকা গুলো পাঁচুপুর ইউনিয়নের অংশ। এবং আত্রাই নদীটি অত্র ইউনিয়ন এর সদর থেকে একেঁবেঁকে নাটোর জেলার নলডাঙ্গা থানার খাজুরা ইউপির পাশ দিয়ে অতিক্রম করেছে।
(২) খালঃ অত্র ইউনিয়ন পরিষদের অধিকাংশ এলাকাই কৃষি প্রধান সেহেতু ছোট খাট অনেক খাল প্রায় গ্রামে ছড়িয়ে আছে।
পরিকল্পনা ও বাস্তবায়নে: মন্ত্রিপরিষদ বিভাগ, এটুআই, বিসিসি, ডিওআইসিটি ও বেসিস